Kasuga Arata menjalani kehidupan normal di sebuah kota kecil, bersama dengan teman masa kecil dan sepupunya, Hijiri Kasuga. Namun, semuanya berubah pada hari Matahari Hitam. Fenomena Kerosakan yang merosakkan kota tempat dia mengambil Hijiri dan tinggal disebabkan oleh Matahari Hitam. Ketika Hijiri mulai menguap, dia menggantung grimoire ke lehernya, memintanya untuk melindungi Kasuga. Setelah kehilangan semua rakannya yang lain serta keluarga dan Hijiri yang tertekan, Kasuga meminta agar planetnya menjadi hebat lagi, yang menyumbang kepada grimoire secara artifisial membangun kembali kehidupannya yang biasa, dan membuatnya lupa akan kehancuran kota dan penghilangan Hijiri . Lilith Asami, seorang penyihir, dihantar untuk menyiasat runtuhan dan dia mendapati mantra yang kuat ada di tempat mereka. Dia membuat Kasuga mengingat peristiwa-peristiwa tertentu dan karenanya pesona itu hancur, bukan tanpa grimoire yang mengatakan kepadanya bahawa Hijiri tidak mati. Kasuga memutuskan bahawa satu-satunya alternatifnya adalah menjadi tukang sihir sendiri oleh kerana itu Hijiri dapat diselamatkan olehnya dan oleh itu dia bergabung dengan sekolah rahsia untuk penyihir yang mengatasi dilema sihir di seluruh dunia, Akademi Royal Biblia. Di sana dia diperkenalkan bersama dengan Trinity Seven, tujuh penyihir wanita kuat yang berada di puncak disiplin ilmu masing-masing (Lilith menjadi salah satu dari mereka) yang akan membantunya dalam tujuannya untuk menjadi ahli sihir yang kuat dan menemui kebenaran tentang Hijiri bersama dengan Matahari Hitam. Dia segera mengetahui bahawa Trinity Seven yang lain, Arin, hampir sama seperti sepupunya yang hilang walaupun dia menunjukkan watak yang sama sekali berbeza.
