Di Tokyo yang diakui sebagai Shinto Teito pada tahun 2020, Minato Sahashi yang berusia 19 tahun sangat pintar, namun kerana ketidakmampuannya untuk menghadapi tekanan telah gagal dalam ujian masuk kolej dua kali.
Minato bertemu dengan seorang gadis bernama Musubi, yang sebenarnya jatuh di langit suatu hari nanti. Minato segera mengetahui bahawa dia adalah "Sekirei" yang memilihnya sebagai "Ashikabi", antara kumpulan samaran individu yang memiliki ciri warisan yang mampu membuat perjanjian - dengan mencium - dengan Sekirei. Ini memungkinkan mereka menggunakan kekuatan total mereka dalam menghilangkan konflik dengan Sekirei yang lain dan mengikat Sekirei kepadanya. Terdiri daripada 108 gadis cantik, wanita buxom, dan bishnen, pertempuran Sekirei dalam pertandingan yang disebut "Rancangan Sekirei" yang dibentuk oleh Hiroto Minaka, ketua dan pengasas MBI Corporation yang misterius dan kuat.
Minato segera mengetahui bahawa menjadi pasangan wanita bukanlah sesuatu yang menyeronokkan dan permainan, terutama ketika dia dipilih oleh beberapa Sekirei yang lain masing-masing juga membuat perjanjian dengannya, sebagai Ashikabi mereka. Sekarang, Minato harus mencari kaedah untuk bertahan dari konflik yang mengancam nyawa Rancangan Sekirei dan persaingan sengit sahabatnya untuknya.
Sekirei adalah makhluk berkuasa tinggi menggunakan kod lain seperti orang. Kapal angkasa Sekirei terhempas di Bumi pada tahun 1999 di Pulau Kamikura, dan ditemui oleh dua orang murid, Hiroto Minaka (calon ketua MBI) dan Takami Sahashi (calon ketua penyelidik MBI dan ibu Minato). Di kapal, pasangan itu telah menemui 108 bentuk kehidupan, yang dijelaskan sebagai "Satu tiang dan 107 burung bayi".
