Pada tahun 2065, Bumi berada di tengah-tengah perang dengan makhluk asing dimensi tambahan yang disebut Nova. Angkatan bersenjata mengembangkan dan melatih Pandora, anak perempuan yang dapat menggunakan tisu genetik khas yang disebut Stigmata (Seikon) Untuk menunjukkan sistem dan kemahiran senjata pertempuran manusia super. Yang menyokong Pandora adalah rakan lelaki yang disebut Limiters, yang menggunakan kuasa "pembekuan" tertentu untuk menyekat kebebasan persaingan mereka.
Mana-mana had ini adalah Kazuya Aoi, yang mendiang adiknya adalah seorang Pandora. Kazuya bertemu dengan Pandora yang kuat, Satellizer el Bridget, yang dijuluki sebagai Ratu yang tidak dapat disentuh, dengan gaya berperasaan dan affobia yang melampau ketika menghadiri Akademi Genetik Barat di Jepun. Meskipun ada peringatan dari rakan sekolahnya untuk menghindari Satellizer, dia berteman dengan Kazuya, dan meminta untuk menjadi Pembatasnya. Satellizer bersetuju untuk bergaul dengannya, walaupun dia tidak lama lagi bertanding dalam persaingan cinta bernama Rana Linchen, yang percaya Kazuya adalah jodohnya setelah menyokongnya melalui beberapa pergaduhan menentang penentang kuliah dengan mengubah kedudukan dan kursus. Ketika Novas menyerang kolej mereka dengan menggunakan Pandora di bawah kawalan mereka untuk mendapatkan akses ke makmal bawah tanah institusi itu, persaingan mereka dihentikan.
Satellizer dan Kazuya bergabung dengan beberapa murid Genetik Barat ke makmal di Alaska, di mana mereka mungkin untuk membantu bersama tugas Evora Pandora (E Pandora), yang membolehkan wanita normal mendapatkan transplantasi Stigmata untuk menjadi Pandora. Apabila salah seorang di antara Pandora E mengamuk, yang lain mengeluarkan masalah sama ada ubat-ubatan dalam percubaan itu tidak berbahaya, tetapi dibuat untuk mematuhi kehendak organisasi perniagaan dan juga pengurus. Setelah mengetahui bahawa sampai habis, mereka akan dimanfaatkan, E-Pandora Amelia Evans mengarahkan pemberontakan yang meningkat menjadi penuh pada Nova Clash.
Kazuya mengetahui lebih lanjut mengenai hubungan keluarganya dengan Nova dan Pandora. Kakek Kazuya, Gengo Aoi, mendapat pekerjaan yang sama, yang menjadikan Rana dan Satellizer menjadi pasukan unik dengan wanita bernama Valkyries. Walaupun begitu, sepanjang aktiviti demonstrasi dengan Nova yang direka khas iaitu tiruan, khayalan dialami oleh Pandora, dan Nova boneka menjadi legenda 100-an Nova yang merosakkan Genetik. Gengo mengatasinya dengan melepaskan Pandora Legenda yang merupakan ibu saudara Kazuya. Usaha Chevalier untuk membunuh Gengo menggunakan beberapa banduan yang disebut Busters, ketika beberapa Pandora Legenda berubah menjadi Novas yang mematikan, tetapi tugas itu berantakan.
