Berikutan insiden merampas kapal Tuatha de Danaan, keadaan kembali normal di Jindai High School di Tokyo, atau seperti biasa dengan Sousuke yang menjaga Kaname. Setelah mengetahui siapa yang mengkhianati Mithril dan menyebabkan kejadian pelayaran, Kurz dan Mao dihantar dalam misi rahsia untuk menangkap dan membawa pengkhianat itu kembali.
Namun, kehidupan Sousuke dan Kaname akan berubah ketika mereka bertemu dengan Leonard Testarossa, anggota peringkat tinggi kumpulan misteri bernama Amalgam. Setelah pertemuan mereka, Leonard memberi amaran kepadanya bahawa dia akan melakukan apa sahaja untuk merekrutnya walaupun itu bermaksud perang di jalan-jalan di Tokyo.
