Pada AG 101 (tahun ke-101 kalendar Generasi Lanjutan) sebuah entiti misteri yang hanya dikenali sebagai "UE", atau "musuh yang tidak diketahui", menyerang dan memusnahkan Angel Space koloni. Serangan kejam ini menjadi terkenal sebagai "The Day the Angel Fell", dan menandakan permulaan perang kemanusiaan untuk bertahan hidup. Siri ini bermula pada AG 108 ketika UE menyerang koloni angkasa Ovan, di mana Flit Asuno kini tinggal setelah dia melarikan diri dari koloni Angel sebelum kehancurannya. Ibu Flit tidak lama sebelum dia dibunuh oleh UE, dia memberikan anaknya sebuah objek yang disebut "AGE Device". Di dalamnya dia menemukan cetak biru untuk senjata kuat dari masa lalu - mesiah kuno bernama "Gundam".
Dari cetak biru ini, Flit menghabiskan beberapa tahun berikutnya untuk belajar kejuruteraan di pangkalan Persekutuan Bumi di koloni ruang angkasa Nora dan merancang Gundam AGE-1. Tujuh tahun kemudian, pada AG 115, Flit melengkapkan Gundam AGE-1 Normal, sama seperti UE menyerang Nora, dan memanfaatkannya untuk membantu kru kapal perang Persekutuan "Diva" dalam mengevakuasi warga jajahan sebelum hancur. Bertekad untuk membawa pertempuran ke UE kerana memusnahkan kediamannya dua kali, Flit bersetuju untuk berkhidmat di skuad saman bergerak Diva yang mengemudikan Gundam. Setelah memperoleh cukup data dan kekuatan ketenteraan untuk menentukan tindakan, kru Diva dan sekutunya melancarkan serangan yang berjaya yang memusnahkan kubu rahsia UE di asteroid Ambat. Di sana mereka mengetahui bahawa UE sebenarnya adalah keturunan dari misi manusia yang kononnya gagal dihantar untuk menjajah Marikh, dibiarkan mati oleh Persekutuan Bumi, yang membentuk bangsa mereka sendiri di planet merah yang disebut Veigan.
