Last Order bermula ketika nanoteknologi Desty Nova menghidupkan semula Alita di kota Tiphares yang terapung. Rahsia hitam kota ini didedahkan dengan kejam, tetapi nampaknya sebahagian kecil dari dunia yang rumit. Pergi ke angkasa lepas dengan syarikat lama dan baru untuk mengetahui lebih banyak tentang masa lalunya yang dilupakan dan untuk mencari temannya yang hilang, Lou Collins, Alita terjebak dalam pertempuran antara planet antara kuasa utama sistem suria yang dijajah. Dalam perjalanan, dia menjalin persekutuan dengan tiga dari Alita Replicas yang kini mulai mempercayai diri mereka sendiri, seorang superhacker yang tidak memuaskan, dan Nova sendiri ketika dia memasuki Zenith of Things Tournament (ZOTT), pertandingan bertarung yang diadakan setiap 10 tahun. Termasuk cara di mana Bumi muncul dari musim sejuk yang membawa bencana yang menghancurkan sebahagian besar orang ramai sepanjang naratif, lebih banyak sejarah mengenai pengaturan Battle Angel Alita yang belum pernah didedahkan pada rentetan sebelumnya ditunjukkan.
