Empayar Britannia menyerang Jepun menggunakan senjata robot gergasi yang disebut Knightmare Frames. Jepun diturunkan menjadi Area 11, sebuah koloni kekaisaran, dan orang-orangnya disebut sebagai Elevens. Pada masa itu, Lelouch, seorang anak muda Britain yang diasingkan ke Jepun, berjanji kepada rakannya dari Jepun, Suzaku, bahawa dia akan menghancurkan Britannia.
Bertahun-tahun kemudian, Lelouch adalah seorang pelajar sekolah menengah yang kerap ponteng sekolah untuk bermain catur dan berjudi. Ketika dia menemui kumpulan pengganas Elevens yang ditangkap oleh pasukan petugas Britain setelah mencuri rahsia ketenteraan, Lelouch tiba-tiba bertemu kembali dengan Suzaku, yang bekerja sebagai anggota tentera Britain. Ketika pasukan petugas yang lain tiba, Suzaku ditembak kerana tidak mematuhi perintah, sementara rahsia ketenteraan, seorang gadis muda, memberi Lelouch kekuatan untuk membuat siapa pun mematuhi perintah apa pun. Mengambil perintah pengganas, Lelouch menggunakan alias "Zero" dan memulakan pemberontakannya untuk menghancurkan Britannia sekali dan untuk semua. Namun, sahabatnya segera menjadi salah satu musuhnya yang paling merisaukan ketika Suzaku menjadi juruterbang model ujian baru Britannia, Knightmare, the Lancelot.
Catatan: Jalan cerita sedikit berbeza daripada anime.
