Umat manusia berhijrah ke koloni angkasa beberapa abad yang lalu, dengan peperangan di Bumi telah lama berakhir. Tiba-tiba semasa Generasi Lanjutan (AG) Tahun 101, Musuh Tidak Dikenal (UE) muncul dan mula menyerang Bumi dan jajahannya memulakan perang berskala penuh. Mereka menghancurkan koloni angkasa "Angel" dalam bencana yang kemudian disebut sebagai "The Day the Angel Fell". Pada AG 108, UE menyerang koloni damai yang dikenali sebagai "Orvan". Flit Asuno, seorang budak lelaki berusia tujuh tahun pada masa itu, telah menyebabkan ibunya terbunuh dalam serangan ini. Sebelum meninggal, dia memberinya pusaka keluarga Asuno — unit memori “AGE Device”. Dengan menggunakan rancangan yang tersembunyi di dalam unit ini, Flit mula mengembangkan pakaian mudah alih "Gundam", harapan terakhir umat manusia. Pada tahun AG 115 Flit Asuno, sekarang berusia empat belas tahun, tinggal di jajahan "Nora" di sebuah pangkalan tentera Persekutuan Bumi bernama "Arinsuton " Setelah tujuh tahun penyelidikan dan pengembangan berkolaborasi dengan Earth Federation, Flit menyelesaikan pengembangan Gundam AGE-1, yang memungkinkannya berkembang sendiri melalui pengalaman pertempuran. UE akhirnya memulakan serangan ke atas koloni "Nora" dan kini Flit tidak mempunyai pilihan selain bertempur dengan Gundam!
