Kisah Kanon, yang dibuat pada pertengahan musim sejuk, berkaitan dengan sekumpulan lima gadis yang terhubung kembali dengan anak lelaki yang sama. Yuichi Aizawa, protagonis utama, telah mengunjungi kota di mana kisah ini berlaku tujuh tahun sebelum permulaan cerita.
Pada awalnya Yuichi sangat terpisah dari kota dan penduduknya. Sebelum kembali, diputuskan bahwa dia akan tinggal bersama sepupunya, Nayuki Minase, dan ibunya, Akiko. Setelah lama tidak hadir, Yuichi telah melupakan hampir semua perkara kecuali butiran kecil mengenai apa yang berlaku tujuh tahun sebelumnya dan perlu diingatkan akan apa yang ditinggalkannya.
Pada hari setelah Yuichi kembali, dia keluar dengan Nayuki yang menunjukkannya di sekitar bandar. Nayuki ingat bahawa dia harus membeli barang untuk makan malam dan Yuichi enggan pergi bersamanya, dengan alasan dia mungkin tersesat. Beberapa saat setelah Nayuki meninggalkannya menunggu di trotoar, seorang gadis pelik bernama Ayu Tsukimiya menerobos ke arahnya dengan sedikit peringatan. Setelah pulih, dia menyeretnya ke sebuah kafe berdekatan dan mengaku secara tidak sengaja mencuri beg yang dipenuhi dengan taiyaki setelah secara tidak sengaja ditengking oleh jurujual sebelum dia berpeluang membayar. Yuichi kemudian menyeret Ayu kembali ke jurujual, mereka berdua meminta maaf atas masalahnya, dan Ayu dimaafkan. Mereka memutuskan untuk bertemu lagi pada hari lain dan Ayu bergegas pergi.
Yuichi tidak sedar pada mulanya, tetapi tiga gadis lain yang dia lupakan sudah biasa dengannya. Sepanjang ceritanya, ketika dia belajar tentang suasana ghaib di kota ini, Yuichi teringatkan setiap gadis dan peristiwa tujuh tahun yang lalu di kota yang diliputi salji.
