Marie terperangkap dalam keadaan yang mengerikan. Dia selalu diseksa oleh rakan sekelasnya dan selalu dicabul oleh gurunya. Dengan tidak ada tempat lain, dia mendapati dirinya meminta pertolongan ghaib dari salah satu daripada tujuh iblis dari tujuh misteri sekolahnya. Yang dia mahukan hanyalah kematian rakan sekelas dan gurunya yang kejam. Sejauh mana Marie sanggup pergi untuk mencapai pembunuhan yang akan membebaskannya dari neraka hidupnya?
Higanbana no Saku Yoru ni berlaku dalam suasana sekolah yang tidak disebutkan namanya dan terdiri daripada banyak cerpen yang lengkap, masing-masing diceritakan dari perspektif seorang pelajar atau kakitangan dari sekolah. Cerita-cerita ini menampilkan buli sebagai tema utama, kerana protagonis setiap cerita digambarkan sebagai mangsa buli atau pembuli. Higanbana berkisar pada serangkaian legenda kota yang disebabkan oleh makhluk ghaib yang disebut y? Kai, yang masing-masing menuntut pemilikan "misteri" tertentu dan membunuh sesiapa sahaja yang cuba menyiasatnya. Terdapat sejumlah tujuh "misteri" pada awal siri ini, dengan banyaknya yai kai saling berperang dalam perang turf yang sedang berlangsung untuk pemilikan misteri ini, yang diberikan kepada tujuh yai kai yang muncul sebagai pemenang dalam konflik . Protagonis cerita berinteraksi dengan sekurang-kurangnya salah seorang penduduk sekolah, y? Kai, yang memaksa protagonis untuk menangani akibat tindakan mereka mengenai buli.
