Chaos; Kisah Kepala ditetapkan pada tahun 2008 di Shibuya dan berpusat di sekitar Takumi Nishij ?, seorang pelajar sekolah menengah di Suimei Academy swasta, dan pembunuhan pelik dan kejam yang baru-baru ini terjadi di daerah Shibuya, yang dikenali sebagai "Generasi Baru" (????????????) kegilaan. Kisahnya bermula pada 28 September dengan Takumi bercakap dengan rakan dalam talian bernama Grim (??? Gurimu?). Grim sedang berusaha membawa Takumi untuk mengetahui mengenai peristiwa Generasi Baru baru-baru ini kerana Takumi tidak berminat dengan berita tempatan atau antarabangsa. Seseorang bernama Shogun (???) menyertai ruang sembang di tengah-tengah perbualan Grim dan Takumi. Setelah Grim keluar dari ruang sembang, Sh? Gun mula bercakap. Dia bercakap dengan cara yang sangat samar dan membingungkan, membuat Takumi gugup. Dia kemudian mengirim Takumi rentetan pautan gambar, salah satunya kelihatan dari pembunuhan kejam terhadap seorang lelaki yang disematkan oleh tembok ke dinding.
Keesokan harinya, Takumi menemui tempat kejadian pembunuhan kehidupan sebenar. Menyaksikan seorang gadis berambut merah misteri yang menjepit seorang lelaki di kawasan lorong, dia segera menyedari bahawa dia menyaksikan pembunuhan yang terperinci dalam gambar yang dia terima sehari sebelumnya. Dengan yakin Shogun menargetkan dia dan gadis yang dilihatnya melakukan pembunuhan itu ada kaitan dengannya, Takumi berusaha untuk tidak terlibat dengan acara Generasi Baru yang lain. Namun, ketika Takumi mulai berusaha menjauhkan diri dari kejahatan yang disaksikannya, dia segera menarik perhatian polis.
Dengan polis mencurigainya, dan dirinya yakin bahawa dia menjadi sasaran Shogun, Takumi mendapati dirinya terperangkap dalam lingkaran khayalan dan debaran, ketika dia berusaha keras untuk menjaga keselamatannya dan mengetahui mengapa dia nampaknya menjadi sasaran. Dia akhirnya bersentuhan dengan beberapa orang lain yang berkaitan dengan kejadian itu, termasuk gadis yang dilihatnya melakukan pembunuhan itu sendiri. Tidak yakin dengan apa yang sebenarnya atau siapa yang dapat dia percayai, Takumi mendapati dirinya mendorong ke arah skema yang jauh lebih besar daripada yang difikirkannya mungkin, kerana syarikat misteri NOZOMI dengan hati-hati merancang sesuatu dari belakang tabir.
Dari Kemas kini Baka:
Takumi adalah seorang pelajar sekolah menengah. Dia ditarik dan tidak berminat dengan perkara 3D. Di kotanya, kes pembunuhan bersiri yang misterius berlaku dan orang ramai menjadi panik. Suatu hari, ketika dia bersembang di internet, seorang lelaki tiba-tiba menghubunginya dan memberinya URL. Dia pergi ke laman web dan mencari gambar blog yang menunjukkan kes pembunuhan berikutnya ... Pada keesokan harinya, ia benar-benar berlaku ... Mungkinkah dia yang bertanggungjawab? Dan di mana pedang-D yang sepatutnya dijumpainya?
