Ringkasan
Jalan ceritanya mengikuti Medaka Kurokami, seorang pelajar Akademi Hakoniwa tahun pertama yang menarik dan menarik yang dipilih sebagai Presiden Majlis Pelajar dengan 98% suara. Dia menangani petisyen ini dengan cara yang tidak betul, dan dengan segala pertolongan dengan teman masa kecilnya Zenkichi Hitoyoshi, membuat kotak cadangan. Sepanjang naratif, tempat kepemimpinan dewan pelajar diagihkan olehnya kepada murid lain seperti Mogana Kikaijima dan Kouki Akune.
Majlis Pelajar mengetahui bahawa ketua akademi bermaksud memulakan tugas untuk melakukan eksperimen kuat pada murid rutin, Flask Plan, yang disebut Normals, sehingga anda dapat mengubahnya menjadi Abnormal, itulah orang yang memiliki kekuatan super. Majlis Pelajar bertentangan dengan murid lain yang terlibat menggunakan pekerjaan dan menyusup ke makmal rahsia sekolah.
Tidak lama selepas itu, Misogi Kumagawa yang ingin menggantikan Majlis Pelajar dengan salah satu daripada Medaka, mencabar kejuaraan Majlis Pelajar. Dari kekuatannya, dua orang murid ditutup setelah kekalahan Kumagawa dan melengkapkan perjalanan mereka ke Akademi Hakoniwa. Kedua cenderung lebih kuat daripada Abnormal dan dijuluki "Tidak Sama". Pemimpin mereka, Anshin'in, mengancam untuk memulakan semula Pelan Flask setelah graduan Medaka, mendorong penggantinya dilatih oleh Majlis Pelajar. Walaupun demikian, strategi yang tepat dari Anshin'in adalah dengan memegang jawatan sebagai Presiden Majlis Pelajar Zenkichi merebut Medaka. Zenkichi berjaya dan melakukannya dengan kepura-puraan meningkatkan kehidupan pelajar. Dia meyakinkan Medaka untuk membenarkan Flask Plan untuk orang-orang yang tidak bersedia.
Setelah mengambil alih tanggungjawabnya sebagai presiden Majlis Pelajar, Medaka tidak lama lagi terlibat dalam kejuaraan untuk menentukan suaminya. Medaka menjadi pemenang, memilih untuk menikahi Zenkichi setelah mereka berdua lulus dan memasuki dirinya sendiri. Tidak lama kemudian, teman dekat Hansode Shiranui dari Zenkichi meninggalkan sekolah. Zenkichi dan medaka mendapati dia akhirnya menjadi tuan rumah lain untuk Iihiko Shishime, makhluk berusia 5000 tahun. Dia dikalahkan oleh medaka dan lenyap setelah berhenti bulan dari jatuh ke Bumi, hanya untuk muncul kembali tepat pada waktunya untuk perkhidmatan akhir tahun. Selepas kepulangannya, anggaplah kedudukan ayahnya di hadapan konglomerat syarikat keluarganya, Kumpulan Kurokami, yang kemudiannya akan kembali sebagai ketua baru dan Medaka bertekad untuk meninggalkan akademi. Sepuluh tahun selepas itu, Zenkichi, telah berusaha menaikkan Kurokami Group, menjadi pekerja tingkat tinggi sebelum bersatu kembali dengannya, dengan kedua-duanya bersumpah untuk tidak berpisah lagi.